Απειρα είναι τα θαύματα που έχει επιτελέσει κατά καιρούς η Τιμία Ζώνη. Εδώ θα αναφέρουμε μερικά μόνο από αυτά.
1. Το πλοίο παραμένει ακίνητο
Κάποτε η Τιμία Ζώνη προσκλήθηκε από τους κατοίκους της Αίνου. Οι μοναχοί που την συνόδευαν φιλοξενήθηκαν στο σπίτι ενός ιερέα, του οποίου η σύζυγος αφαίρεσε κρυφά ένα τεμάχιό της. Όταν οι πατέρες επιβιβάσθηκαν στο πλοίο για να αναχωρήσουν, αν και η θάλασσα ήταν γαλήνια, το πλοίο έμενε ακίνητο. Βλέποντας η πρεσβυτέρα το παράξενο αυτό φαινόμενο αισθάνθηκε το σφάλμα της και παρέδωσε στους πατέρες το τεμάχιο της Ζώνης. Τότε μόνο το πλοίο μπόρεσε να αποπλεύσει. Εξαιτίας του γεγονότος αυτού κατασκευάσθηκε η δεύτερη θήκη, όπου φυλάσσεται ως σήμερα αυτό το τεμάχιο.
2. Περιπέτειες της Αγίας Ζώνης
Κατά την επανάσταση του 1821, ύστερα από παράκληση του λαού της Κρήτης που μαστιζόταν από την πανώλη, η Αγία Ζώνη μεταφέρθηκε στο νησί. Όταν όμως ετοιμάστηκαν οι μοναχοί να επιστρέψουν στην Μονή, τους συνέλαβαν οι Τούρκοι και τους οδήγησαν στην αγχόνη. Η Αγία Ζώνη εξαγοράσθηκε από τον πρόξενο της Αγγλίας Δομένικο Σανταντώνιο. Από εκεί μεταφέρθηκε στην Σαντορίνη, στην νέα κατοικία του προξένου. Η είδηση μεταδόθηκε σε όλο το νησί, και μετά από ενημέρωση της Μονής από τον επίσκοπο του νησιού, στάλθηκε ο προηγούμενος Διονύσιος, το 1831, στην Σαντορίνη. Ο πρόξενος ζήτησε για την απόδοση της Αγίας Ζώνης 15.000 γρόσια, και ο λαός με συγκινητική προθυμία συγκέντρωσε το ποσό. Έτσι εξαγοράσθηκε η Αγία Ζώνη και γύρισε στην Μονή Βατοπαιδίου.
